Estudió historia y antropología cultural en Roma. Entre 1981 y 1991 fue editor de la sección histórica y antropológica de la Biblioteca Biografica, publicada por el Instituto della Enciclopedia italiana, y desde 1984 hasta 1989 fue profesor invitado y director de estudios en la École des Hautes Études en Sciences Sociales en París. Zapperi -considerado el mayor experto contemporáneo en el Renacimiento- fue designado en 1988 miembro del Instituto de Estudios Avanzados en Berlín, y en 2001 catedrático (Warburg-Professor) en Hamburgo. Ha sido profesor invitado en la Universidad de Zurich y es miembro de la Academia Alemana de Lengua y Literatura. Desde 1992 colabora regularmente en la sección cultural del prestigioso diario alemán Frankfurter Allgemeine Zeitung. Es autor de numerosos libros y ensayos, muchos de los cuales han sido traducidos al francés, al inglés, al japonés y al coreano.